半開放型の館内は、2階建ての屋内と、広く開放的な屋外からなっています。屋内オーシャンゾーンの大回遊水槽は、県南リアス式海岸を再現した疑岩の周りを豊後水道の魚約90種1500尾が泳いでおり、魚たちの迫力ある動きを間近に見ることができます。
また、ワンダーゾーンでは、暗闇の中でライトアップされたタチウオや特殊照明によって様々な色に変わるクラゲなど生物の美しさを紹介しています。
屋外はパフォーマンスエリアとタッチングエリアからなり、セイウチ、サメ、ヒトデとの触れ合いや、楽しい海獣類のショーを見ることができます。中でもセイウチの腹筋運動は同水族館の名物となっています。別府湾の景観と一体化したような近代的な建物が目印です。