生島大神、足島大神の二神をお祀りしており、ご神体は大地となります。
また、摂社には諏訪大神がお祀りされています。
境内には「武田家臣団起請文全八十三通」「武田信玄願文」「真田昌幸朱印状」「真田信之（信幸）の寄進状・朱印状」など多くの文書が保存されている戦国史の貴重な資料となる国指定重要文化財『生島足島神社文書』が納められています。